Đại học Hokkaido được William S. Clark thành lập năm 1876 với tên gọi là Cao đẳng Nông nghiệp Sapporo (札幌農學校, Sapporo nōgakkō?) với 5 khoa và một lớp đầu tiên có 24 sinh viên. Ngày 11 tháng 4 năm 1918, vào thời kỳ Taishō, nó trở thành Đại học Hoàng gia Hokkaido (北海道帝國大學, Hokkaidō teikoku daigaku?) và là một trong 9 trường Đại học Hoàng gia. Khoa Y (School of Medicine) được thành lập năm 1919, cùng lúc Cao đẳng Nông nghiệp (Agricultural College) đổi thành Khoa Nông nghiệp. Năm 1947, thành lập Khoa Kỹ thuật, Khoa Khoa học, và Khoa Luật và Văn học, khi đó trường đổi tên thành Đại học Hokkaido. Năm 1953, Khoa sau đại học (Graduate School) được thành lập.[1]

Từ năm 2004, Trường được sáp nhập thành đại học quốc gia theo luật mới áp dụng cho tất cả các trường đại học quốc gia. Mặc dù sáp nhập để tăng tính độc lập và tự chủ về tài chính nhưng Đại học Hokkaido vẫn chịu sự quản lý của Bộ Giáo dục Nhật Bản.